在水利工程項目的管理環(huán)節(jié)，因為薪酬不能落實，在利益的作用下，很多單位的內(nèi)部管理毫無章法，沒有將職責落實到人頭，因為對申報項目顧及的不夠全面等因素，所以造成很多建設(shè)項目在開展時費用不夠。而水利工程項目管理系統(tǒng)的監(jiān)察力度也普遍偏低，再遇到一些問題時主要體現(xiàn)為不能及時、有效的處理問題，從而造成較為嚴重的后果。雖然一些單位構(gòu)建了管理系統(tǒng)，不過實際效果較小。

同時又因水利工程的規(guī)劃與監(jiān)理工作是通過縣級以上的系統(tǒng)予以管理的，而這樣的系統(tǒng)平時事物繁雜，所以不能有效的管理基層水利工作，這就造成基層水利人員在心理上出現(xiàn)惰性，這也是導致水利工程技術(shù)進展緩慢的一個因素，還有就是基層水利系統(tǒng)管理面小，且級別不高，直接針對農(nóng)村，所以不只是進行行政管理，其主要的工作內(nèi)容還包括了技術(shù)服務(wù)、監(jiān)理、施工以及監(jiān)督等，而基層水利系統(tǒng)相應(yīng)的經(jīng)驗是較為匱乏的。

一般來說水利工程項目質(zhì)量的監(jiān)測以及監(jiān)督，是水利工程項目建設(shè)過程十分重要的一個步驟，監(jiān)測的情況，從根本影響著水利程項目建設(shè)的質(zhì)量。不過就當下的情況來分析，監(jiān)測部門相關(guān)人員的技術(shù)知識普遍偏低，檢測工作者專業(yè)能力亟待加強，這也是水利工程項目的一個主要問題。同時有一些水利行業(yè)的監(jiān)測活動都是通過其他的監(jiān)測行業(yè)去實施的，一般不能根據(jù)水利行業(yè)的硬性指標以及規(guī)范去實施監(jiān)測。而且我國對于水利工程項目的投入不多，且對監(jiān)測沒有予以必要的重視，因此造成監(jiān)測設(shè)施落后。