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小型農(nóng)田水利工程運(yùn)行中面臨的主要難題是工程建設(shè)問題和運(yùn)行管理問題。工程建設(shè)存在的主要問題為施工要求標(biāo)準(zhǔn)不高、建設(shè)模式不匹配．老化嚴(yán)重：運(yùn)行管理存在的主要問題為各個(gè)利益方面責(zé)任不確切，沒有健全的管護(hù)督查體系，并由此導(dǎo)致工程資金投入失調(diào)、管護(hù)費(fèi)用短缺等不良后果。

1、管護(hù)人員責(zé)任劃分不明確

農(nóng)村土地制度的改革之后．農(nóng)村土地就變成農(nóng)民分散經(jīng)營的模式。目前，已經(jīng)存在的小型水利工程存在兩個(gè)方面的問題，關(guān)于管理模式的問題主要包括三點(diǎn)：第一，管理體制不清楚產(chǎn)權(quán)歸屬也不明確，因此無法劃分國家政府、農(nóng)村集體、受益戶三者應(yīng)該履行的職責(zé)和義務(wù)；第二，工程建設(shè)、管理、維護(hù)、使用四方面無法建立有效聯(lián)系，因此目前農(nóng)村存在許多正在使用、無人維護(hù)的小型水利工程：第三，長期以來，許多地方都有重骨干輕配套、重建輕管的觀念，因此目前農(nóng)村存在許多“國家沒法管，農(nóng)民管不住”的小型水利工程。關(guān)于費(fèi)用管理的問題主要包括兩點(diǎn)：第一，管護(hù)資金缺乏．工程失效時(shí)．管理者沒有能力去履行維修的責(zé)任；第二，小型水利工程管護(hù)經(jīng)費(fèi)主要依靠水費(fèi)。然而．目前計(jì)收水費(fèi)方式多樣．有的實(shí)行政府和村民組織“指導(dǎo)價(jià)+自主定價(jià)”．有的地方則實(shí)行政府定價(jià)計(jì)收水費(fèi)的權(quán)利和管護(hù)人員的責(zé)任的不協(xié)調(diào)．因此農(nóng)民會形成“水費(fèi)由政府收?。茏o(hù)則應(yīng)讓政府負(fù)責(zé)”的思想。

2、管護(hù)費(fèi)用沒有保障

小型水利工程供水秩序混亂、無人管理有些地方政府沒有建立和實(shí)施渠系水費(fèi)模式．工程建設(shè)費(fèi)用主要來源為國有水費(fèi)返回量因?yàn)樗M(fèi)返回量的不確定因素較多．所以工程運(yùn)行中的管護(hù)費(fèi)用很難保障。

小型農(nóng)田水利工程管護(hù)費(fèi)用的保證與農(nóng)民水費(fèi)支出費(fèi)用之間的矛盾很難協(xié)調(diào)。為減少農(nóng)戶承擔(dān)與水利工程更新和維護(hù)費(fèi)用相關(guān)的費(fèi)用．農(nóng)戶只需要支付運(yùn)行費(fèi)用．而小型農(nóng)田水利工程水費(fèi)一般不考慮折舊費(fèi)但是有些大中型受益范圍外即不享受政府補(bǔ)貼的水利工程．因?yàn)檫\(yùn)行費(fèi)用較高，大部分超出了農(nóng)戶承受能力。管護(hù)費(fèi)用沒有保障的情況下，承包人面臨機(jī)井設(shè)備老化、能耗高、收益低的考驗(yàn)也沒有能力更新和維護(hù)。

3、計(jì)量方式多樣．計(jì)量現(xiàn)狀差

小型農(nóng)田水利工程用水收費(fèi)不計(jì)量的現(xiàn)象普遍存在大部分農(nóng)田水利系統(tǒng)沒有計(jì)量設(shè)施．雖然有些按照要求設(shè)置了與量水相關(guān)的設(shè)施．但沒有真正作為水費(fèi)計(jì)收的標(biāo)準(zhǔn)一些地區(qū)則按面積收費(fèi)．沒有節(jié)水激勵措施．一方面群眾很難養(yǎng)成節(jié)約用水的習(xí)慣．另一方面也難以實(shí)現(xiàn)公平收費(fèi)。