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新時期，水利工程管理隨社會經(jīng)濟(jì)的發(fā)展以及水利工程的發(fā)展取得了一定的成績，但是我們也看到了管理中仍存在許多的問題。這主要體現(xiàn)在以下幾個方面：

首先，水利工程管理的方式仍存在不科學(xué)的地方。在我國的水利工程管理中缺乏“全方位、全壽命”的管理理念，這體現(xiàn)在管理工作上便是水利工程的建設(shè)上存在一些只關(guān)注眼前利益而缺乏全面性及長遠(yuǎn)性的現(xiàn)象。受傳統(tǒng)政績觀的影響，在水利工程的管理中存在許多重建設(shè)而輕管理的思想和現(xiàn)象，許多地方政府和單位更多的是積極的爭取新的水利工程，對于已有的水利工程的挖掘不足并且存在管理上不夠重視等現(xiàn)象。就管理的思路以及具體的措施而言，都相對較為落后，造成了許多水資源利用效率比較低或者是水資源浪費的現(xiàn)象。在管理中，也存在一些只是片面的追求社會相依而忽略其應(yīng)有的經(jīng)濟(jì)效益，從而使得水資源利用的整體收益較低，職工收入水平低，從而影響其工作積極性等問題。

其次，水利工程管理人員的素質(zhì)影響了管理水平的提升。在水利管理系統(tǒng)中，特別是一些基層的水利工程管理單位，工作人員的整體思維受傳統(tǒng)管理制度的影響，仍存在許多依賴上級領(lǐng)導(dǎo)指示的現(xiàn)象，缺乏管理的主動性和積極性，且管理的效率較低。在信息技術(shù)發(fā)展的背景下，對于工程管理提出了更多的要求，而工作人員的整體水平和素質(zhì)沒有相應(yīng)的提升，從而影響了管理工作的更新和完善。對于科技的掌握不足，使其無法完成水利工程的信息化管理等，并且專業(yè)技術(shù)的缺乏使其不能實現(xiàn)對水利工程的有效監(jiān)督和管理，影響整體的管理效果。

再次，在水利工程管理中，存在較多的水利設(shè)施老化現(xiàn)象。從我國水利工程發(fā)展的情況來看，一些大中型的水利工程或者是灌溉區(qū)域的水利設(shè)施，更多的是在上個世紀(jì)中期所建設(shè)，其建設(shè)的基本目標(biāo)是滿足現(xiàn)實的需求，并且受到建設(shè)當(dāng)時的理論和技術(shù)水平等的限制，工程的設(shè)計以及施工的標(biāo)準(zhǔn)相對較低，從而使得工程質(zhì)量存在一些問題。在經(jīng)歷的幾十年的風(fēng)雨之后，這些水利工程存在較多的老化失修或者坍塌等現(xiàn)象，這在很大程度上造成了水利工程的安全隱患，給防洪等工作帶來了諸多的壓力。

最后，水利工程管理缺乏完善的保障體系。從管理的角度來審視水利工程管理，一些保障制度還不完善，水利工程投資以及維護(hù)經(jīng)費不到位現(xiàn)象較為多見。_般情況下，水利工程日常維護(hù)的費用多是由政府財政撥款，但是在實踐中資金的運行往往很難滿足水利工程運行和管理的實際需求。此外，對于水利工程管理的法律法規(guī)及相應(yīng)的制度尚不健全，缺乏有效的法律和制度體系，無法滿足精細(xì)化管理的實際需求。