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1.增加庫區(qū)地質(zhì)災害發(fā)生的頻率

興建水庫可能會誘發(fā)地震，增加庫區(qū)及附近地區(qū)地震發(fā)生的頻率。山區(qū)的水庫由于兩岸山體下部未來長期處于浸泡之中，發(fā)生山體滑坡、塌方和泥石流的頻率會有所增加

2.造成庫區(qū)泥沙淤積

由于受水壩的攔截，受水勢變緩和庫尾地區(qū)回水影響，泥沙必然會在水庫內(nèi)尤其是大壩和庫尾（回水的影響）淤積。

3.下游土地的土壤鹽堿化

不斷的灌溉又使地下水位上升，把深層土壤內(nèi)的鹽分帶到地表，再加上灌溉水中的鹽分和各種化學殘留物的高含量，導致了土壤鹽堿化。

4.庫區(qū)及下游的水質(zhì)惡化

庫區(qū)水面面積大，大量的水被蒸發(fā)，土壤鹽堿化使土壤中的鹽分及化學殘留物增加，從而使地下水受到污染，提高了下游河水的含鹽量。

5.河水的水質(zhì)的改變

由于水質(zhì)的惡化及水流流速的減慢，使水生植物及藻類到處蔓延，不僅蒸發(fā)掉大量河水，還堵塞河道灌渠等等。這些水生植物不儀遍布灌溉渠道，還侵入了主河道。它們阻礙著灌渠的有效運行，需要經(jīng)常性地采用機械或化學方法清理。這樣，又增加了灌溉系統(tǒng)的維護開支。

6.對下游河道的影響

由于水勢和含沙量的變化，還可能改變下游河段的河水流向和沖積程度，造成河床被嚴重沖刷侵蝕，入河（海）口向陸地方向后退

7.由于水流靜態(tài)化導致下游血吸蟲病等流行病的發(fā)病率增加

8.移民問題和對庫區(qū)風景、文物的影響

由于水位上升使庫區(qū)被淹沒，需要進行移民。并且由于興建水庫導致庫區(qū)的風景名勝和文物古跡被淹沒，需要進行搬遷、復原等。

9.對氣候的影響

庫區(qū)蓄水后，水域面積擴大，水的蒸發(fā)量上升，因此會造成附近地區(qū)日夜溫差縮小，改變庫區(qū)的氣候環(huán)境。

10.外交上的影響

在國際河流上興建的水庫，等于重新分配了水資源，間接的影響了水庫所在國家與下游國家的關(guān)系。