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從生物群落內(nèi)部看，整體性是生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)的重要特征。一旦形成系統(tǒng)，生態(tài)系統(tǒng)的各要素不可分割而孤立存在。如果硬性分開，那么分解的要素就不具備整體性的特點(diǎn)和功能。在一個(gè)淡水水域中，各類生物互為依存，互相制約，互相作用，形成了食物鏈結(jié)構(gòu)。研究表明，一個(gè)生態(tài)系統(tǒng)的生物群落多樣性越豐富即食物鏈越復(fù)雜，其結(jié)構(gòu)形成三維的網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)，稱為食物網(wǎng)，那么，這種復(fù)雜的食物網(wǎng)組成的生態(tài)系統(tǒng)比簡(jiǎn)單的直線型食物鏈的穩(wěn)定性要高得多，其抵抗外界干擾的承載力也高得多。如果食物鏈（網(wǎng)）的某些重要環(huán)節(jié)缺省，即在生態(tài)學(xué)中稱為“關(guān)鍵種”的缺省，對(duì)一個(gè)生態(tài)系統(tǒng)將產(chǎn)生重大影響。另外，從生物群落多樣性角度看，一個(gè)健康的淡水生態(tài)系統(tǒng)，不但生物物種的種類多，而且數(shù)量比較均衡，沒有哪一種物種占有優(yōu)勢(shì)，各物種間既能互為依存，也能互相制衡，使生態(tài)系統(tǒng)達(dá)到某種平衡態(tài)即穩(wěn)態(tài)，這樣的生態(tài)系統(tǒng)功能肯定是完善的。反之，如果一個(gè)淡水生態(tài)系統(tǒng)的生物群落內(nèi)比例失調(diào)，會(huì)造成整個(gè)系統(tǒng)惡化。比如人們向江河湖庫(kù)傾倒?fàn)I養(yǎng)物質(zhì)及有機(jī)質(zhì)，水中氮、磷等物質(zhì)增加，就會(huì)導(dǎo)致藍(lán)藻加快繁殖，水中生物群落比例失調(diào)，造成水體富營(yíng)養(yǎng)化和生態(tài)系統(tǒng)失衡。